Nicolaj Moesgaard Agger (nacido el 23 de octubre de 1988) es un futbolista danés. Nicolaj Agger juega principalmente como delantero, pero ha jugado varios partidos como extremo bajo las órdenes del entrenador Tonny Hermansen en el Vejle Boldklub.

Además, es primo de Daniel Agger de Brøndby IF y Marco Agger de HB Køge. Nicolaj Agger, que entonces tenía 17 años, fue seleccionado del equipo B del club para la Copa Tele2 con el primer equipo del club.  Nicolaj Agger debutó con el primer equipo del Brøndby cuando anotó dos goles en la victoria por 4-0 sobre el Flora Tallinn en casa en la segunda ronda de clasificación de la Copa de la UEFA después de reemplazar a Morten "Duncan" Rasmussen al comienzo de la segunda mitad.

Agger tuvo dificultades para jugar como regular en el equipo, por lo que en las temporadas 2009/10 y 2010/11 fue cedido al SønderjyskE y al Djurgården IF,  En agosto de 2012, Vejle Boldklub compró Agger de Brøndby IF. Aquí Agger firmó un contrato de 3 años. Después de que una resonancia magnética mostró que Agger tenía problemas menores en la rodilla, tuvo que someterse a una cirugía en la rodilla.  El 29 de junio de 2014, Vejle Boldklub anunció que había vendido a Nicolaj Agger al recién ascendido Silkeborg IF, un año antes de que expirara su contrato en Nørreskoven. La tarifa de transferencia no fue revelada.  Nicolaj Agger recibió la camiseta número siete en el Silkeborg IF, a la que se cambió en junio de 2014. Anotó en su partido de debut, un partido amistoso contra Hobro. El 25 de julio de 2017, se anunció que el Agger se trasladó al club de 2ª división Hvidovre IF.