Joaquín nació en El Puerto de Santa María, provincia de Cádiz, donde se inició como futbolista en el C. D. Los Frailes, y posteriormente pasó al C. D. San Luis. ​ En 1997 entró en la cantera del Real Betis Balompié, En la categoría juvenil, ganó con el Betis la Copa del Rey (1999) y una Supercopa, en un equipo en el que figuraban, entre otros, Dani, Arzu y Toni Doblas. ​ ​ En la temporada 1999-2000 jugó en el Betis B, con el que disputó 26 partidos de la Segunda División B.

Para la temporada 2000-01 fue ascendido al primer equipo y el 20 de agosto de 2000, con 19 años, jugó su primer partido, frente al Recreativo de Huelva, en el Trofeo Colombino. ​ Su debut oficial en la Segunda División se produjo en el estadio multiusos San Lázaro el 3 de septiembre de 2000, frente al Compostela. En los siguientes cinco años, Joaquín lo jugó prácticamente todo con el Real Betis Balompié y sumó más de 200 partidos oficiales con el club, asistiendo y anotando por igual (50 pases decisivos en los partidos de liga). Su fama hizo que se interesa el Chelsea FC por su traspaso ​. En la temporada 2004-05, jugó todos los partidos de Liga y marcó cinco goles y otros tres goles más en la Copa del Rey que ganó el equipo bético. En la final jugada en el Vicente Calderón el 11 de junio de 2005 contra el Club Atlético Osasuna, jugó los 90 minutos y la prórroga.

En la siguiente temporada, en la Liga de Campeones de la UEFA, disputó los seis partidos de la fase de grupos, incluyendo el triunfo 1-0 contra el Chelsea y un empate 0-0 contra el Liverpool en Anfield (El equipo bético terminó la liguilla en tercer lugar, y obtuvo como premio menor la clasificación para la Liga Europa de la UEFA